총 15개의 단원으로 구성된 이 책은 1부에서 빅뱅, 우주와 지구의 진화, 생명체의 탄생, 고생대, 중생대, 신생대의 중요한 사건들을 소개하고 있다. 2부에서는 인간의 신경계, 호흡계, 내분비계, 마음이 어떻게 서로 상호작용하는지를 설명하고 있다. 3부는 초월의 과학이라는 부제를 가지고 11장에서 14장까지 포함된다. 인간의 본래 태어난 목적을 이해하고 그것을 향해 나아갈 수 있는 방법들을 찾고 더 나아가 우리 사회가 인간의 태어난 본래 삶의 목적에 부합하는 방식으로 시스템을 만들 수 있을 것이라고 저자는 제안한다.

서론. 이 글을 들어가며
 서론. 이 글을 들어가며 19
글을 쓰게 된 동기와 목적 19
본고의 구성 22
 [BOX 0-1. 시간 공간 에너지의 스케일에 대한 이해] 27
시간(Time) 28
공간(Space) 30
에너지(Energy) 32

 1부. 물질과 생명의 진화

1장. 입자와 우주의 시대
1장. 입자와 우주의 시대 39
 1.1. 빛으로부터 물질의 탄생 39
 1.2. 우리 은하계의 구조 43
 [BOX 1-1. 약력,강력,전자기력,중력] 44
 [BOX 1-2. 핵융합과 질량-에너지 등가원리] 46
 [BOX 1-3. 원소기호, 원자번호, 원자량, 이온] 50

 2장. 태양계와 지구의 탄생
2장. 태양계와 지구의 탄생 53
 2.1. 지구의 기원 53
 2.2. 태양과 지구의 기원 54
 2.3. 지질연대표 57
 2.4. 지구의 내부구조와 맨틀대류 60
 2.5. 대륙이동설과 판게아 62
 2.6 지구공전과 지축 64
 2.7. 태양자기권과 지구자기권 66

 2.8. 지구대기의 형성 68
 2.9. 태양복사와 우주복사선에 영향받는 지구기후 70

 3장. 선캄브리아기
3장. 선캄브리아기 75
 3.1. 화학적 진화와 세포의 출현 75
 3.2. 자기조직하는 생화학반응: 밀러와 우레이의 실험 76
 3.3. 지질이중막의 기원 79
 3.4. 진핵세포의 기원 82
 3.5. 광합성 86
 3.6. 다세포생명체의 출현 89

 4장. 고생대
4장. 고생대 95
 4.1. 캄브리아기 대폭발: 생명체들의 빅뱅 95
 4.2. 척추동물의 출현 98
 [BOX 4-1. 호메오박스] 102
 4.3. 턱의 기원 106
 [BOX 4-2. 내골격, 턱의 등장과 면역계의 공진화] 108
 4.4. 외골격에서 내골격으로 112
 4.5. 사지동물의 기원 113
 4.6. 식물의 육상진출과 씨앗의 출현 116

 5장. 중생대
5장. 중생대 125
 5.1. 중생대 125
 5.2. 태반동물의 기원 128
 [BOX 5-1. K/T경계(K/T boundary)] 130
 5.3. 겉씨식물과 피자식물 131
 5.4. 대기의 산소농도증가 132

 6장. 신생대
6장. 신생대 137
 6.1. 포유아강의 분류 140
 6.2. 유태반류의 특징 142
 6.3. 영장목(Order Primates) 145
 6.4. 유인원류 147
 6.5. 종자(Seed)의 진화 148
 6.6. 종자 휴면과 크기의 진화 150

 2부. 신경내분비, 호흡, 마음

7장. 신경시스템
7장. 신경시스템 159
 7.1. 신경과 전류의 역사 159
 7.2. 뉴런의 구조 164
 7.3. 지질 미엘린수초화와 도약전도 167
 7.4. 신경세포의 기원과 대뇌신피질의 팽창 172
 [BOX 7-1. 스테판의 진행지수] 175
 7.5. 파페츠회로와 삼위일체뇌 177
 7.6. 뉴런의 활동전위와 에너지요구량 182

 8장. 호흡시스템과 순환시스템
8장. 호흡시스템과 순환시스템 187
 8.1. 크고 복잡한 신경시스템은 많은 에너지가 필요하다. 187
 8.2. 지구상의 생명체는 ATP라는 공통의 화학적에너지를 이용한다. 190
 8.3. 산소호흡은 에너지생산량을 급격히 증가시켰다 191
 8.4. 진핵세포는 미토콘드리아를 도입하여 거대한 에너지공급을 가능하게 하였다. 192
 8.5. 미토콘드리아와 엽록체는 동일하게 양성자기울기를 ATP 생산의 동력으로 이용한다. 193
 [BOX 8-1. 세포호흡의 3단계과정] 194
 8.6. 인체의 호흡은 외호흡, 내호흡, 세포호흡의 3단계 과정으로 구성된다. 199
 8.7. 공기중의 산소농도 증가: 바다에서 육지로의 진화압력 201
 8.8. 폐표면적의 증가: 사이막폐에서 허파꽈리폐로의 진화 203
 8.9. 몸통에서 수직한 네다리와 횡격막의 진화 204
 [BOX 8-2. 횡격막의 구조와 기능] 207
 8.10. 복식호흡과 폐포환기율의 증가 209
 8.11. 폐포의 계면활성제 210
 [BOX 8-3. 계면활성제의 지질과 단백질] 214
 8.12. 적혈구: 총 표면적의 증가를 통한 산소운반능력의 개선 219
 8.13. 심장구조의 진화 223
 [BOX 8-4. 산화와 환원, 그리고 전자전달계] 226
 [BOX 8-5. 정상세포와 암세포의 막전위 차이] 228

 9장. 내분비시스템
9장. 내분비시스템 235
 9.1 . 심리, 대사, 면역과정에서 스테로이드호르몬의 중요성 235
 [BOX 9-1. 펩티드호르몬과 스테로이드호르몬의 비교] 240
 [BOX 9-2. 시상하부] 242
 [BOX 9-3. 시상하부-뇌하수체의 구조와 호르몬들] 244
 [BOX 9-4. 뇌실과 뇌실주변부기관] 246
 9.2. 호르몬기관과 방출되는 호르몬 250
 [BOX 9-5. 전사복합체의 전사조절과정] 254
 9.3. 유전자 조절자로서 호르몬 255
 9.4. 스테로이드 핵 수용체 256
 [BOX 9-6. 스테로이드핵수용체의 다양한 작용] 258
 9.5. 핵수용체와 동물들의 공진화과정 260
 [BOX 9-7. 내분비계의 진화와 외생기원론 : 산소, 핵수용체, 리간드의 공진화 (co-evolution)] 262
 9.6. 핵수용체의 기원은 식물성 지질화합물의 센서였다. 268
 [BOX 9-8. 스테로이드 호르몬들의 합성과 대사중간체들] 270
 [BOX 9-9. 핵수용체들의 Redundancy와 시소효과, 그리고 통계적 해석의 필요성] 272

 10장. 마음시스템
10장. 마음시스템 283
 10.1. 감정의 모듈성: 와드의 띠이랑 제거실험 283
 10.2. 언어의 모듈성: 브로카, 베르니케 영역 286
 10.3. 펜필드의 뇌기능 지도 288
 10.4. 인격, 개성, 자아 그리고 전전뇌(prefrontal cortex) 290
 10.5. 호르몬과 행동: 베르톨트의 수탉 거세실험 291
 10.6. 프란잘의 테스토스테론과 공격성실험 294
 10.7. 사회적인행동으로서의 공격성과 남성호르몬 296
 10.8. 채식식이와 남성호르몬의 감소 297
 10.9. 채식식이와 성호르몬결합단백질의 증가 299
 10.10. 중독, 우울증, 코티솔의 삼각축 상호작용 301
 10.11. 채식과 코티솔의 감소 303
 10.12. 식물성호르몬섭취와 코티졸변화 305
 10.13. 채식인과 비채식인의 흡연률과 음주율비교 306
 10.14. 단일사례연구: 1주일간의 채식과 혈중 호르몬 수치들의 변화 308
 10.15. 채식어린이의 아이큐 비교 311
 10.16. 거울뉴런, 타인과 동물들의 고통에 대한 공감 315
 10.17. 불안과 호흡의 상호작용 319
 10.18. 저단백질 채식과 산소섭취량 증가 321

 3부. 초월과 과학

11장. 신비수행과 초월현상들
11장. 신비수행과 초월현상들 331
 11.1. 혜명경과 성명규지: 도교 334
 11.2. 천태소지관: 불교 천태종 346
 11.3. 카발라: 유대 신비주의 348
 11.4. 바가바드기타: 힌두교 352
 11.5. 파탄잘리의 요가 수트라 354
 11.6. 플라톤: 고대서양 356
 11.7. 플로티누스 358
 11.8. 오리겐과 기독교 신비주의 360
 11.9. 향심기도 또는 관상기도 362
 11.10. 수피즘: 이슬람 신비주의 362
 11.11. 태을금화종지 364

 12장. 명상과 뇌과학
12장. 명상과 뇌과학 375
 12.1. 디폴트 모드 네트워크 (Default Mode Network)와 에너지 377
 12.2. 디폴트모드의 탈활성화 379
 12.3. 명상과 디폴트모드의 탈활성화 381
 12.4. 디폴트모드와 의식 384
 12.5. 포유류 대뇌피질의 6개층 386
 12.6. 중간뉴런(Interneuron) 391
 12.7. 감마파 392

 13장. 빛과 양자생물학
13장. 빛과 양자생물학 403
 13.1. 빛의 성질 404
 [BOX 13-1. 광자와 물질의 상호작용: 산란, 광전효과, 쌍생성] 407
 13.2. 광수용체와 발색단 410
 [BOX 13-2. 카로티노이드] 413
 [BOX 13-3. 공액발색단, 카로티노이드, 파이토케미칼] 416
 [BOX 13-4. 포르피린 공액분자 링 시스템] 418
 13.3. 생물발광과 광자흡수 420
 13.4. 빛의 치유효과 424
 13.5. 빛에 의한 미토콘드리아 ATP의 증가 426
 13.6. 빛의 신경계에 대한 영향 430
 13.7. 레이저와 유도방출 431
 [BOX 13-5. 레이저의 유도방출원리] 433
 [BOX 13-6. 광자 미세공진기 (Photonic microresonator)] 435
 13.8. 양자생물학, 광합성과정의 양자결맞음 437
 [BOX 13-7. 원자모형의 발달: 빛과 물질의 상호작용] 440
 [13.9. 양자역학의 두가지 기본원리:중첩과 불확정성 450

 14장. 양자심리학과 마음의 결맞음
14장. 양자심리학과 마음의 결맞음 459
 14.1. 태양전지와 광다이오드, 그리고 영혼과 육체 459
 [BOX 14-1. 반도체, 태양전지, 광다이오드의 구조와 원리] 462
 14.2. 미세소관(Microtubule)의 생물학적 기능 465
 14.3. 미세소관의 반도체, 강유전체로서의 특성 468
 [BOX 14-2. 미세소관의 다양한 물리적 특성] 472
 14.4. 신경세포에서 미세소관의 기능 476
 [BOX 14-3. 양자중첩과 생물현상] 478
 [BOX 14-4. 미세소관과 양자의식(Quantum consciousness)] 481
 [BOX 14-5. 전기적 시냅스와 신경세포들의 동기화] 485
 14.5. 핵융합과 호울라움(Hohlraum) 488
 14.6. 광수용체와 태을금화종지: 빛의 봄과 빛을 받아들임 495
 [BOX 14-6. 무선전력전송 시스템] 488
 14.7. ATP와 뉴클레오타이드, 유전자, 효소 500
 14.8. 뉴클레오티드의 합성은 간에서 가장 많이 이루어진다 504
 14.9. 연신환허 506

 4부. 초월과 공동체

15장. 공동체와 초월
15장. 공동체와 초월 517
 15.1. 노동의 종말, 또는 노동으로부터의 해방 518
 15.2. 신비가와 세상 520
 15.3. 채식과 노동으로부터의 해방 526
 15.4. 신비가들을 위한 변명 528
 15.5. “삼위일체와 초월”의 사회구성체 532

에필로그
 에필로그 537