오늘날 철학자는 자연과학에 대해 무지하고 자연과학자는 철학에 대해 무관심한 채 자기 영역에만 틀어박혀 있다고 판단하고 같은 시대, 같은 문화권에 있으면서 지식 세계를 함께 창조해야 할 과학과 철학의 올바른 상호 관계를 탐구한다.
존재론은 인간에 의한 가치부여 이전의 존재에 대한 철학적 성찰로서, 자연존재론, 사회적· 역사적 존재론, 자아 존재론으로 나뉠 수 있는데 이 책에서는 자연존재론을 집중적으로 다루면서 자연 연구와 철학 사이의 상호관계 또는 상호 영향 관계를 검토한다.
전체적인 구성은 세기 단위로 시대상을 조감하고 과학의 과제가 무엇인가를 검토한 뒤에, 개별 과학이 담당한 문제와 그것의 해결 과정을 서술하면서 독자들로 하여금 이에 대한 철학적 성찰과 이해를 가능하게 했다. 논의의 전체적인 맥락과 흐름을 짚어주고 조망할 수 있도록 각 장마다 ‘서설’을 붙여놓았으며 여러 중요한 철학적 개념과 용어를 평이한 문체로 전달한다.

머리말
자연 존재론 서론
1장 피지스와 고대의 존재 사유
I. 과학과 철학의 발단
II. 과학과 철학의 분리
III. 아리스토텔레스에 의한 학문방법론의 확립
IV. 헬레니즘 시대 알렉산드리아의 자연학
V. 고대의 천문학
VI. 그리스 로마 시대의 제 과학
VII. 학문에 의한 플라톤과 아리스토텔레스의 공헌
2장 신앙 시대 자연 존재론의 행방
I. 아리스토텔레스의 전승
II. 대학의 설립과 아리스토텔레스 연구
III. 존재계층론과 목적론: 신학적 우주론
IV. 중세의 학문방법론: 논리학과 그 연역추론
V. 중세기의 과학 기술
VI. 중세의 존재의의
3장 근대의 자연 존재론
A 아리스토텔레스 우주상의 붕괴와 새로운 천체론
B 과학적 방법론의 확립과 인식의 문제
C 인식론을 통한 방법론의 정초: 합리론과 경험론
D 칸트에 의한 인식론의 체계적 완성
E 과학혁명 시대 자연 존재론의 과제와 전개
4장 18· 19세기의 자연 연구: 자연의 산업화
I. 새로운 발명
II. 화학혁명
III. 전기학과 전자학
IV. 열역학
V. 의학 분야
VI. 생물학과 진화론
VII. 이 시대 과학에 대한 독일 학계의 대응: 신비주의의 맥과 자연철학
5장 20세기의 자연 연구: 제 2 과학혁명
A 20세기 물리학의 혁명
I. 상대성 이론
II. 원자 양자 소립자
III. 새로운 천체물리학
B 20세기의 생명과학
I. 세포의 문제
II. 유전학의 과제
III. 생명의 발생과 분화
IV. 생태학
C 20세기 자연 연구와 철학의 대응
I. 방법론적 대응: 기호논리학
II. 현대 분석철학과 언어의 문제
III. 화이트헤드의 형이상학적 사유: 유기체철학
IV. 20~21세기의 과학기술과 새로운 문명 형태