『사화와 반정의 시대』는 성종·연산군·중종대에 전개된 정치적 역정과 의미를 국왕·대신·삼사(三司)의 관계에 초점을 맞추어 분석한다. 이를 통해 조선의 정치는 국왕·대신·삼사라는 주요한 세 정치세력이 시기와 국면에 따라 협력·대립관계를 바꿔가면서 운영되었으며, 그 결과 어느 한 정치세력의 독주보다는 서로의 합의와 균형이 중시되는 형태를 갖게 되었음을 규명한다.

감사의 글
 책을 시작하며_ 조선 최초의 사화와 반정의 시대를 어떻게 볼 것인가

1장 성종 - 왕권의 안정과 균열의 시작
1. 변형된 왕정-1~7년
 갑작스런 즉위 | 수렴청정과 원상제의 시행 | 훈구대신의 영향력
2. 균형과 견제-8~17년
 친정을 시작하다 | 대신을 압박하다 | 몰리는 한명회 | 대간의 부상浮上 | 균형과 견제 | 월권의 조짐 | 국왕의 고민
3. 균열의 시작-18~25년
 홍문관의 기능 확대 | 제3의 언론기관, 홍문관 | 회복되는 대신의 위상 | 갈등의 고조 | 국왕의 경고 | 성종대의 정치적 유산
4. 성종의 왕권-비폭력적 유교정치의 수행

2장 연산군-절대왕권의 추구와 정치적 파탄
1. 능상에 대한 경고-무오사화(1~4년)
국왕과 삼사의 대립 | 대신과 삼사의 충돌 | 삼사의 능상을 교정하라 | 조선 최초의 사화, 무오사화 | 사화의 전개 1-김일손의 사초 | 사화의 전개 2-붕당의 단초 | 사화의 전개 3-「조의제문」의 발견과 해석 | 삼사의 연루 | 피의자들의 처벌 |사화의 분석
2. 왕권의 일탈과 무차별적 숙청-갑자사화(5~10년)
제어받지 않는 왕권 | 패행과 사치 | 재개되는 삼사의 간쟁 | 국왕과 삼사의 충돌 | 신과 삼사의 협력 | 갑자사화의 발발-이세좌·홍귀달 사건 | 폐모 사건의 보복 | 피화인의 분석
3. 폭정과 폐위-11~12년
 일상화된 폭정 | 불안해하는 폭군 | 반정과 폐위
4. 연산군의 왕권-전제왕권의 추구와 정치적 파탄

3장 중종-중흥과 개혁의 모색
1. 추대된 국왕-즉위년~9년
 편중된 권력 | 삼사의 도전 | 삼대장과의 갈등 | 재연再燃되는 능상
2. 급진적 개혁과 실각-기묘사화(10~14년)
왕권 강화의 의지 | 기묘사림의 등장 | 개혁정치를 보는 시각
3. 역전된 정국-15 ~25년
 다시 우위에 선 대신 | 삼사의 회복 | 변질의 실마리
4. 김안로의 집권과 삼사의 기능 변질-26~32년
 김안로의 시대 | 국정의 난맥상 | 사유화된 삼사
5. 중흥의 마지막 노력-33~39년
 중흥의 의지 | 한계와 성과
6. 중종의 왕권-조정력의 부재와 미완의 중흥

 책을 마치며_삼사의 위상 확립과 정치적 정립구도의 형성
 주석 | 참고문헌 | 부록: 갑자사화 피화인의 명단 | 찾아보기