《파인즈》는 미연방수사국 비밀 요원 에단 버크가 병원에서 깨어나는 장면에서 시작된다. 에단 버크는 실종된 두 연방요원을 찾아 아이다호 주 웨이워드 파인즈로 왔다. 실종된 두 명 중 한 명은 에단의 예전 파트너였다. 아주 외딴 지역에 자리잡은 웨이워드 파인즈에 도착하지만 그는 도착과 동시에 교통사고를 당했다. 큰 부상을 입고 병원에서 깨어난 그는 신분증과 소지품을 모두 잃어버린 것을 알게 된다. 그러나 그보다 더욱 당혹스러운 것은 시간이 지날수록 웨이워드 파인즈는 이상한 것들 투성이고, 의문점들이 쌓이기 시작하는데…….