<뿌리깊은 한국사 샘이 깊은 이야기> 시리즈는 한국사 속의 쟁점을 바탕으로 하여 그에 해당하는 역사를 이해하는 데 필요한 기초 사료들을 가려 뽑아 만들어졌다. 먼저 고조선. 삼국에서부터 현대에 이르기까지 일곱 권의 큰 틀로 나뉘어 구성되었으며, 각 권에서는 사건, 제도, 생활, 생산 등의 큰 주제로 또 나뉘어 체계적인 이해가 가능하도록 하였다.

첫번째 권인 '고조선. 삼국'편에서는 한국사에서의 고대 기점을 고조선 건국으로 설정하고, 신라, 고구려, 백제 삼국의 성립 과정을 한국 고대 사회의 재편 과정으로 보면서 역사를 서술하고 있다. 이외에도 삼한과 가야, 부여, 옥저 등 한반도의 고대 국가들에 관련된 여러 쟁점을 서술하고 있다.

예를 들면, '삼한은 어디에 있었나'와 같은 쟁점을 제시하고, 그에 관한 여러 의견을 소개하며 '자료샘'이라는 항목에서 이를 뒷받침해줄 사료를 제시하는 형식으로 구성되어 있다. 이러한 구성 방식 덕에 역사서임에도 불구하고 흥미롭게 읽을 수 있다는 강점을 지니고 있다.

I. 원시
1. 한반도에 인류가 등장하다 - 기후 풍토와 인간의 서식
2. 윈시 공동체 생활을 하다 - 원시 사회
3. 원시 사회가 해체되고 고대 사회가 나타나다 - 원시 사회의 해체
4. 우리 민족이 형성되다 - 민족의 형성

II. 고대사회의 형성과 발전
1. 농업 생산력이 커지고 사회가 크게 변하다. - 생산 증대와 사회 변동
2. 단군 이야기, 신화인가 설화인가- 국가의 출현과 단군 설화
3. 고조선에 가려진 진국 - 고조선과 진국
4. 사관에 따라 요동친 고조선 영토 - 고조선의 강역彊域
5. 위만조선이 무너지고 사회가 분열하다 - 위만조선의 멸망과 조선 사회의 분열

III. 고대 사회의 재편
1. 북방을 호령한 나라들 - 부여.고구려.예.옥저
2. 마한,진한,변한은 고조선에서 - 마한.진한.변한
3. 주몽이 고구려를 일으키다 - 고구려의 개국 전설
4. 누가 백제를 일으켰는가? - 백제의 개국 전설
5. 혁거세를 추대해 신라를 세우다 - 혁거세를 추대해 신라를 세우다
6. 다시 찾은 왕국, 가야 - 가야

IV. 고대 정치 체제와 사회 구성
1. 고대 사회의 지배층과 피지배층 - 제가와 하호
2. 삼국의 이중적 지배 구조 - 삼국의 왕과 부部
3. 신라의 신분 제도 - 골품제
4. 삼국 귀족 회의의 대표자들 - 대등과 대대로
5. 율령을 반포하다 - 율령
6. 왕권을 제약한 회의 제도 - 화백과 정사암

V. 고대 사회의 전개
1. 고구려,백제,신라가 서로 다투며 발전하다 - 삼국의 정립과 발전
2. 광개토대왕릉비문의 진실 - 영락대왕의 업적과 광개토대왕릉비
3. 신라, 삼국 통일의 기반을 다지다 - 진흥왕순수비
4. 고구려, 수,당의 침입을 물리치다 - 살수대첩과 안시성 승전
5. 토지 지배의 제도와 관행이 바뀌다 - 식읍과 녹읍
6. 삼국 통일의 기틀 - 화랑과 국선

VI. 고대의 문화와 대회 관계
1. 삼국의 교육제도 - 태학과 경당, 박사 제도
2. 삼국이 불교를 받아들이다 - 삼국의 불교 수용
3. 고구려 문화가 살아 숨쉬는 고분 벽화 - 고구려의 고분 벽화와 생활
4. 삼국이 역사책을 펴내다 - 삼국의 역사 편찬
5. 무령왕릉에 숨겨진 백제 역사 - 무령왕릉
6. 삼국과 일본의 우호와 대립 - 삼국과 왜
7. 백제가 바다를 넘어 세력을 넓히다 - 백제의 해외 진출과 교린
8. 고대 일본 문화를 꽃피운 한반도 사람들 - 삼한. 삼국 유민의 일본 열도 진출

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