고대 그리스에서 '아름다움과 지혜'의 여신으로 추앙받았던 여성 수학자이자 철학자, '히파티아'. 그녀가 기독교 광신도에게 살해당하기 직전, 생애 마지막 한 달간의 이야기를 소설로 재구성했다. 당대 최고 지성인 그녀에 대한 살인은 고대 광명의 종말과 중세 암흑의 도래를 의미할 만큼 중요한 역사적 사건으로 꼽힌다.
고대 학문의 주요 중심지인 알렉산드리아에서 신플라톤주의 학파의 지도자로 인정받았던 히파티아. 뛰어난 지적 재능과 달변, 미모를 두루 갖춘 덕분에 수많은 제자 및 추종자들이 그녀를 따랐다. 소설 속에서 그녀에 대한 절절한 사랑을 비밀로 간직하는 오레스테스 총독도 그중 한 사람이다. 하지만 히파티아는 자신에게 청혼한 뭇 남성에게 "나는 진리와 결혼했어요"라고 거절하며 죽을 때까지 독신을 고집했다고 전해진다.
그녀는 하얀 로브를 입고 다니며, 소크라테스와 마찬가지로 무지한 일반인들이 삶의 진리를 깨닫도록 열띤 강의를 펼쳤다. 또 과학적인 사고를 가진 지식인으로 여러 학습과 과학을 기호화했는데, 당시 초기 기독교도인은 이것을 이교신앙과 같은 것으로 여겼다. 결국 그녀는 광신적인 기독교도들에게 처참하게 살해되었다. <소설 히파티아>는, 서기 414년 10월 말부터 히파티아가 죽임을 당하는 11월 초순까지의 이야기를 묘사한다.