『나이트폴』은 1996년 7월 17일 TWA 800 보잉 747-131기는 이륙한 지 12분 만에 대서양 상공에서 폭발한다. 승무원 포함 탑승자 230명 전원 사망, 미국에서 일어난 항공 사고 중 가장 큰 규모의 비행기 사고로 기록된 이 참사의 5년 후, 대테러 특별 기동대의 존 코리는 FBI 요원인 아내의 손에 이끌려 참석한 희생자들의 추모식에서 사건이 종결되는 과정이 매끄럽지 못했다는 점을 주목하게 된다. 그는 사건의 진상이 담겨 있을 것으로 추정되는 한 커플의 비디오테이프를 추적하게 되는데, 그를 막는 관련 수사기관들의 수상한 움직임에서 본능적으로 숨겨진 진실이 있다는 걸 감지하게 되는데….