『독도밀약』은 과거사를 검증한 것이면서 동시에 현재진행 중인 첨예한 사안에 대한 기록으로, 영유권이라는 엄중한 사안에 대한 정치세력 간의 밀약을 다루었다. 해방 후 한일외교사가 어떤 모습이었는지 다큐멘터리처럼 생생하게 보여준다. 이를테면 ‘독도밀약’이라는 특종기사를 통해 구체적인 한일관계의 이면을 살펴볼 수 있다.

프롤로그 ‘미해결의 해결’은 왜 성립되었나
1. 밀약 위에 구축된 한일관계
2. 덩샤오핑보다 30년 이상 앞서다
3. 국교정상화까지 치열한 협상과정을 추적하다

제1장 암중모색의 시대
1. 영토를 둘러싼 분쟁의 기원
2. ‘이승만 라인’의 설정과 한일단교
3. 대담한 유화카드를 선택한 기시 노부스케
4. 한일의 두 지도자, 하야하다

제2장 숙부와 조카사위의 대일외교
1. 친일정권의 탄생
2. 한일회담, 움직이기 시작하다
3. 오노 반보쿠와 한일 로비 라인
4. 청구권 자금을 둘러싼 공방
5. 이승만 라인, 사라지다

제3장 새로운 한일 로비
1. 오노 반보쿠-김종필 라인의 소멸
2. ‘돌격내각’의 탄생
3. 정일권-고노 라인에서 움직인 사람들

제4장 독도밀약
1. 고노 이치로, 본격적으로 움직이다
2. 어업 문제를 정리하다
3. 독도밀약의 성립
4. 밀약의 형태를 만들다
5. 밀약의 ‘정치학’

제5장 두 개의 상실
1. 문서의 상실
2. 정신의 상실

에필로그 시험되는 예지
1. 나니와부시 정치의 시대
2. 나니와부시 문화의 종언