『나는 고발한다』는 평범한 삶을 살던 함주명이 1983년 나이 쉰둘에 낯선 이들에게 끌려가 간첩이란 누명을 쓰고 다음 해 5월 29일에 무기징역이 확정되어 16년간의 감옥 생활 후 2005년 7월 15일 재심 선고 공판에서 무죄라는 판결을 받기까지 국가권력에 의한 조작으로 평범한 이웃의 삶을 파괴된 과정을 보여준다. 책 후반부에는 그의 가족 뿐 아니라 주변인들도 고통과 불안 속에 생활했음을 고발하며 분단을 이용한 정치세력에 누구도 자유로운 사람은 없으며 그의 말에 귀 기울일 의무가 있음을 이야기한다.

서문: 나는 왜 이 이야기를 남기는가 5

제1장 함주명의 살아온 이야기 13
운명의 그날 15
‘간첩’ 함주명의 반생 22
남파 40
기적 같은 재회 50
고단한 남한 생활 56

제2장 지옥에서 보낸 45일 67
날조의 시간들 69
만들어진 혐의 91
악마의 시간 98
홍종수는 누구인가 105
형식적인 재판 109

제3장 진실의 이름으로 117
2심에서 3심까지 119
항소 이유와 변론 요지 148
상고이유서 158

제4장 야만의 시대 163
5공 시대 간첩단 사건은 왜 빈발했는가 165
고문 시대 184
민가협의 활동 202
16년간의 감옥 생활 209

제5장 나는 무죄다 221
이근안 고문은 사실이다 223
머나먼 재심의 길 236
마침내 재심이다 245
눈물 젖은 최후진술 263

제6장 마침내 정의가 이기다 269

제7장 가족의 눈물 275
젊은 아내 이춘자 277
큰아들 함종우 295

에필로그 303
발문: 만들어진 간첩의 말에 귀 기울일 의무 --- 박래군 307
지은이의 말 316